《深夜食堂》是一間營業時間是晚上十二點到早上七點左右的食堂，老闆以做「樹洞」為賣點，聲稱絕不理會客人閒事（但其實老闆係一個會管閒事，富人情味的老闆）。就是這樣，打工仔，情婦，黑社會大佬，失意青年，敗犬女等三山五嶽的人聚腳於此。
起首章「拿破崙意粉」，講述一個情婦川島因情夫逝世，又未能分得情夫一毫子遺產，失意時在食堂遇到一個平凡普通白領阿初，兩者亦因著一碟拿破崙意粉，就墮入愛河。但愛情來得快，去得快，當川島情夫的元配被發現偽造遺囑，川島獲得一份可觀的遺產後，就馬上與阿初分手。
在繁華都市，資本主義的世界，一個平凡的低薪打工仔是否真的不應談戀愛？避免給予自己一個受傷的機會？窮人想拍拖的難度比他們想像中的大，有錢人死了也贏到你，情何以堪。慢著！阿初都尚算可以上到車。香港年青一代連車也上不到，豈不是連愛河也墜不入⋯⋯ 而最後，川島拿著情夫的遺產放貸，係囉，有錢就可以錢搵錢，幾簡單，使乜做得咁辛苦！
第二章「山芋飯」是一個屬於鄉下少女的故事，本章情節較多，亦是充斥著人情味的一章。栗山美智留是一個內自新瀉的女孩，因為煮得一手好菜，被男朋友勸服一起往東京打併，但遇人不淑，男友夾帶私逃，只得孤身一人流落東京。
本章起首第一幕是阿美不停地飲果汁，好似我哋細個係便利店refill再refill「自由斟」咁。一個人身無分文，敵不住肚餓，終於入咗食堂到食咗一餐「霸王餐」，但由於敵不過良心責備，最後向老闆自首，但老闆無將佢送官查辦，我想這在香港是不可能的了，因為窮人在香港犯法是必須依法懲處的。而當阿美見到老闊隻手受傷，就堅持要留下來直至老闆康復。
老闆留下阿美，除了提供工作機會，又借地方俾阿美住，又教阿美買材料，而阿美的廚藝亦因此漸露頭角，令一位對未來失去希望的年輕人再次產生希望。而最後，老闆的手痊癒了，阿美十分灑脫地遵守諾言，主動提出離開。最後，阿美因為廚藝出眾，被一位暗戀老闆的食店老闆娘聘用了，而老闆娘知道阿美掛念故鄉的婆婆，就暗暗地幫阿美聯絡了婆婆，交代阿美的近況，又幫她帶來了婆婆的明信片。我想當中的感人程度，非香港人所能體會，畢竟香港人並沒有太多人需要離鄉別井地工作，而這個情節亦令我想到台灣麥當勞一條母親節短片。
食店老闆到老闆娘對阿美的幫助是實質，低調又不求回報的。有別於好大喜功的人，幫助別人從來沒有需要高調地做。一個普通人高調地幫助別人，又不能吸引大眾的注意，說實在的，只不過是利用弱者為自己塑造一個慈善家的形象。 而兩位老闆幫助阿美的方法又是值得效法，他們不是給予阿美金錢就算，而是幫助佢利用自已的能力自力更生，又會從細微處入手，令佢覺得世間有愛。幫人從來都不是一件易事，用錯方法，最後只會是好心做壞事。
第三章「咖哩飯」是講一個來自福島的健三追女仔追到東京。健三的妻子衰生於福島311地震，連遺體也找不到，一厥不振，直至遇到義工明美，但明美因為個人原因而想藉做義工忘記不快。健三在人生低潮時遇上了明美不斷的鼓勵和幫助，便投射了對忘妻的愛到明美身上。當明美發現了健三對自己的愛後，便離開了福島回到東京，豈知健三直追至東京。
導演加插了關於311地震情節，令人反思災後的救援工作是否忽略了受難者的心靈輔導，災民又是否真的會輕易轉移情緒，把情感投放在施助者身上，視施助者為情感水泡，究竟施助與受助者有著什麼的關係？亦令人反思，義工是否真的出於真心去幫助人，還是一個形象工程或者出於一個令自己好過點的偽善。
《深夜食堂》其實還有一個骨灰龕的故事，片中亦曾提及在東京不少人死後無錢買長生位而把骨灰龕棄置，到最後警察局內有一個專門放置骨灰龕的房間。
或者，土地問題是每一個發達城市都會面對的問題，不論生死，都要面對一位難求的情況。
《深夜食堂》當中簡介了東京的數個景點，如雷門淺草寺和sky tree，又提及東京2020奧運會。導演利用影片間接宣傳東京，這種利用電影文化交流的軟性宣傳手法，加上電影的人情味，令人對東京留有一個好印象，確實高明是高明的一著。
唯電影節奏緩慢，但片長兩小時，未必所有人都可以看得完。